In de woelige jaren zestig waren de VVD en de JOVD zeker niet te typeren als twee handen op één buik. Het schuurde nogal eens tussen beide organisaties, zeker nadat in de herfst van 1966 D66 op het politieke toneel was verschenen en voor een deel van de JOVD-achterban een reëel alternatief bleek. Dat had ook te maken met bepaalde overeenkomsten tussen de JOVD en D66: beide meenden dat de democratie gebrekkig functioneerde. Enkele voorstellen die de JOVD ter verbetering had aangedragen, doken een paar jaar later in het program van D66 op, zoals de afschaffing van de Eerste Kamer. De VVD had daarmee weinig op.
Ook vóór de komst van D66 knetterde het soms tussen de VVD en de JOVD. De 1 mei-bijeenkomsten die enkele JOVD-afdelingen organiseerden om te laten zien dat het liberalisme er ook voor de arbeiders was, viel niet bij iedereen in de VVD goed – net als het pleidooi voor tweezijdige ontwapening en voor democratische meerjarenplanning van de economie (‘Demoplan’). De JOVD moest daarentegen niets hebben van de reactie van Molly Geertsema, de voorzitter van de liberale Tweede Kamerfractie, op het door de VARA uitgezonden satirische programma ‘Zo is het toevallig ook nog eens een keer’. Geertsema stoorde zich eraan dat de programmamakers het televisiekijken in bijbelse termen als een nieuwe religie hadden voorgesteld; met enkele andere fractievoorzitters vroeg hij de minister om ingrijpen. Het dagelijks bestuur van de JOVD was ‘bijzonder teleurgesteld’; in een verklaring sprak het van een ‘rechtstreekse inbreuk op de vrijheid van meningsuiting’. Wat bij de VVD weer niet goed viel, was dat het JOVD-congres in november 1966 met het oog op de Tweede Kamerverkiezingen van februari 1967 een eigen politiek program had opgesteld (Stemverheffing). Vrijheid en Democratie, het ledenblad van de VVD, hield de jongeren voor dat een onafhankelijke opstelling in verkiezingstijd niet gewenst was.
De gespannen verhoudingen weerhield de VVD er niet van om de JOVD financieel bij te staan – zij het dat er elk jaar weer over de bijdrage moest worden overlegd. Dankzij behendig optreden van voorzitter Hans Wiegel kwam die er ook weer in 1966, terwijl de onderlinge verhoudingen toen nogal gespannen waren. Een structurele regeling van de subsidiëring van de JOVD door de VVD zou nog op zich laten wachten.
