De oprichting van de JOVD op 26 februari 1949 was voorbereid door de ‘Jongeren-commissie’ van de VVD. Zij werd vernoemd naar de VVD: ook de jongerenorganisatie tooide zich in haar naam met de termen ‘vrijheid’ en ‘democratie’. Van de VVD kreeg de JOVD een startsubsidie van 4500 gulden. De relatie met de moederpartij was meteen punt van discussie, zo toont het verslag van de bijeenkomst. Enerzijds moesten er ‘mentors’ komen – plaatselijke VVD-leden die als ‘geestelijke vader’ kon fungeren voor de JOVD-afdelingen. Anderzijds wilden de jongeren ‘niet de bijwagen van de V.V.D. worden’. Deze spanning tussen de onafhankelijkheid van de JOVD en haar gerichtheid op de VVD loopt als een rode draad door haar geschiedenis.
De VVD vond dat de JOVD zich niet zou moeten bemoeien met de ‘echte’ politiek. Zij diende geen ‘politieke organisatie’ te zijn maar vooral een studiegroep, waarin jongeren met elkaar konden discussiëren over liberale onderwerpen. Toch liet de JOVD zich wel met de actuele politiek in, waardoor wrijvingen met de VVD niet uitbleven. In 1954 zetten de bisschoppen zich in hun mandement scherp af tegen enkele sociaaldemocratische organisaties, zoals de PvdA. JOVD-voorzitter Hein Roethof stoorde zich aan de afzijdige opstelling van de VVD, die het eens zou zijn met ‘de afstraffing van de socialisten’. Later kwam hij in het geweer tegen de wijze van kandidaatstelling binnen de VVD. Het JOVD-hoofdbestuur schaarde zich in een open brief aan de VVD-top achter zijn voorzitter; het gaf aan met de VVD te willen discussiëren over de partijorganisatie. VVD-leider Pieter Oud was hier niet over te spreken; hij vond dat kritiek binnenskamers moest blijven. In het overleg dat tussen beide organisaties op gang kwam stelde Roethof zich kritisch op: hij liet weten de VVD te behoudend te vinden en drong aan op verjonging van de partij.
De verstandhouding met de VVD verbeterde nadat Huub Jacobse in november 1956 voorzitter van de JOVD was geworden. Een jaar later werd Oud zelfs tot erevoorzitter benoemd. Dat enkele hoofdbestuursleden van de jongerenorganisatie betrokken waren bij een VVD-manifestatie, viel bij een minderheid van de leden niet goed. Andere leden daarentegen verzochten de VVD bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1959 ten minste één JOVD’er een verkiesbare positie op de kandidatenlijst te gunnen. Dat lukte niet, maar het leidde intern wel tot een discussie over de kwestie van dubbelfuncties – hoever kon de oriëntatie op de VVD gaan zonder dat de autonomie in gevaar kwam?
