De vernieuwingsgeest van de roerige jaren zestig kreeg ook vat op de JOVD. Van de oorspronkelijke opzet van een studieclub bleef al snel weinig meer over. De roep om democratisering en inspraak droeg eraan bij dat de jongerenorganisatie zich politieker ging opstellen, met soms controversiële standpunten tot gevolg. Het hoofdbestuur sprak zich regelmatig uit over actuele zaken, waarmee het de publiciteit haalde. De JOVD stelde een spraakmakend plan op om het politieke bestel beter te laten functioneren en kwam voor de Tweede Kamerverkiezingen van februari 1967 zelfs met een eigen program, Stemverheffing geheten. Voor de VVD ging dat veel te ver, ook omdat enkele standpunten van de JOVD helemaal niet met de hare overeen kwamen – maar wel met die van een nieuwe electorale concurrent, Democraten ’66 (D’66).
Vlak voor de komst van D66 in oktober 1966 botsten de VVD en de JOVD met elkaar. JOVD-voorzitter Hans Wiegel nam het op voor Hans Gruijters, die als Amsterdams gemeenteraadslid voor de VVD had geweigerd het huwelijk van prinses Beatrix met Claus von Amsberg bij te wonen. De VVD-leiding reageerde zeer ontstemd, waarna Gruijters als partijlid bedankte en zo’n half jaar later met gelijkgezinden D66 oprichtte. Uit bezorgdheid voor liberale versplintering had de JOVD tevergeefs geprobeerd de komst van de nieuwe partij te voorkomen. Die pogingen leidden wel – op voorstel van Wiegel – tot de instelling van het ‘Liberaal Beraad’, een regelmatig overleg van onder meer de VVD, de JOVD en het Liberaal Democratisch Centrum. Het LDC was in 1962 mede door oud-JOVD-bestuurders opgericht en fungeerde als de georganiseerde linkervleugel van de VVD.
De aantrekkingskracht van D66 leidde tot spanningen binnen de JOVD. Tot de 37 initiatiefnemers van de nieuwe partij behoorden zes (oud-)JOVD’ers, onder wie oud-voorzitter Erwin Nypels (die in 1967 voor D66 in de Tweede Kamer zou worden verkozen). Ook sloot een aantal actieve JOVD-leden zich bij D66 aan. De redactie van De Driemaster berichtte positief over de nieuwkomer, waarvan een meerderheid van het JOVD-congres niet gediend was. Het hoofdbestuur van de JOVD wilde zich tegenover D66 net zo opstellen als tegenover de VVD, maar beide hadden daaraan geen behoefte. De brugfunctie werd zo een spagaat. In 1969 sprak het congres zich uit dat de jongerenorganisatie onafhankelijk was en ‘zich vooral richt op de VVD, zonder dat dit contacten met andere politieke en maatschappelijke organisaties uitsluit.’ De deur naar D66 viel zo dus niet helemaal in het slot.
