Een dag voordat Pim Fortuyn op 25 november 2001 werd verkozen als lijsttrekker voor Leefbaar Nederland, was hij gastspreker op het congres van de JOVD – tot ongenoegen van de VVD overigens. De ‘enigszins omstreden professor Pim’, zoals hij in het congresverslag werd genoemd, was eerder dat jaar door De Driemaster geïnterviewd. In dat vraaggesprek hield hij een pleidooi voor meer passie in de politiek en meer directe democratie. Over politieke jongerenorganisaties was hij niet zo lovend: ‘Jullie kampen met hetzelfde probleem als de politieke partijen. Erg levendig is het allemaal niet.’ Fortuyn zette zich al lange tijd fel af tegen de paarse coalitie van PvdA, VVD en D66 en tegen VVD-leider Hans Dijkstal. Hij werd op een sceptisch congres kritisch ondervraagd, maar ‘kon naar afloop rekenen op een warm applaus’ – een teken dat Fortuyn onder de JOVD-leden zeker op steun kon rekenen. Zo betoogden JOVD-voorzitter Rense Weide en -vicevoorzitter Ferdi de Lange in NRC Handelsblad, dat ‘de poldercultuur en bovenal de dictatuur van de politieke correctheid’ dienden te worden doorbroken: de burger moest meer te zeggen krijgen.
Fortuyns invloed bleek nog sterker na de Tweede Kamerverkiezingen van 15 mei 2002. Nadat lijsttrekker Fortuyn kort daarvoor vermoord was, behaalde zijn Lijst Pim Fortuyn (LPF) 26 zetels, terwijl de VVD er veertien verloor. Onder het motto ‘Verandering, Vernieuwing & Democratisering (VV&D) bepleitte oud-JOVD-voorzitter Jeroen de Veth een grondige vernieuwing van de VVD, grotendeels in de geest van Fortuyn: democratisering van de partijorganisatie, invoering van de gekozen burgemeester, tegen politieke correctheid. Toen JOVD-voorzitter Weide op het junicongres voor een meer rechtse VVD pleitte, leidde dit tot frictie binnen het JOVD-bestuur en moest hij opstappen.
Al met al schoof de JOVD door de Fortuyn-revolte wat naar rechts op, vooral in sociaalculturele zin. De moord op de cineast Theo van Gogh in 2004 door een moslim-fundamentalist versterkte de kritische houding van de jongerenorganisatie jegens religie en vooral de islam. In 2004 bepleitte de JOVD het schrappen van de vrijheid van godsdienst in de grondwet; religie was niet meer dan een mening en die was al beschermd door de vrijheid van meningsuiting. Die vrijheid gold ook voor Geert Wilders en zijn omstreden film Fitna, hoe ongenuanceerd de voormalig VVD’er ook zou zijn. De JOVD maakte een video waarin het gedicht ‘Een volk dat voor tirannen zwicht’ van de verzetsman H.M. van Randwijk werd voorgedragen. Het kabinet diende de vrijheid van meningsuiting voorop te stellen en mocht niet zwichten voor druk uit moslimlanden.
Het congres van de JOVD stelde in november 2002 het Politiek Kernpunten Programma (PKP) 2002-2006 vast. Hierin toonde zij zich voorstander van de invoering van een vlaktaks, een voor iedereen geldend identiek belastingtarief. In het op het najaarscongres van 2006 aangenomen herziene PKP bepleitte de JOVD onder meer de afschaffing van de hypotheekrenteaftrek en de geleidelijke vervanging van de AOW als collectieve verzekering door een individuele, private regeling – thema’s die lijnrecht ingingen tegen het VVD-programma. Verder wilde de JOVD de basisbeurs vervangen door een leenstelsel.
