Met voorzitter Mark Rutte als gangmaker maakte de JOVD zich in aan het begin van de jaren negentig sterk voor een ‘paarse samenwerking tussen de liberalen en socialisten’, zonder het CDA. In de nota Mikken op het midden uit 1989 was zelfs gepleit voor een fusie tussen VVD en D66 op de langere termijn. De Tweede Kamerfracties van deze partijen wezen dit meteen af. Ruttes plan van een samengaan van de JOVD en de Jonge Democraten (JD) van D66 noemden de laatsten een ‘goedkope publiciteitsstunt’. Zij wilde wel meeschrijven aan een ‘paars’ regeerakkoord, samen met de Jonge Socialisten (JS) van de PvdA. In dit akkoord, dat in maart 1992 werd gepresenteerd, stonden de ontplooiingsmogelijkheden voor het individu centraal, onder meer wat betreft abortus en euthanasie. Ook zou de koningin al haar politieke functies moeten opgeven. Intussen verkenden de PvdA en VVD achter de schermen de mogelijkheden van een regeringscoalitie zonder christendemocraten, vanwege hun negatieve ervaringen met het regeren met het CDA.
In augustus 1994 vormden PvdA, VVD en D66 het eerste paarse kabinet, geleid door PvdA’er Wim Kok. In 1973 had de JOVD de eerste besprekingen met D66 in het Haagse hotel Des Indes gestart en na zo’n twintig jaar was haar droomkabinet nu realiteit – waarbij het maar de vraag is wat precies het Des Indes-beraad daaraan heeft bijgedragen. Het betekende wel dat de JOVD op zoek moest naar een nieuw inhoudelijk thema om zich mee te profileren, wat niet meeviel. De JOVD bleef daarnaast paars nauwgezet volgen. Onder de titel Paars II, ja of nee? evalueerde zij samen met de JD en JS het eerste kabinet-Kok. Het drietal meende dat paars meer had kunnen bereiken en bepleitte onder meer legalisering van softdrugs, schrappen van euthanasie uit het Wetboek van Strafrecht en verruiming van de mogelijkheden voor abortus – alle zaken die voortvloeiden uit het individuele zelfbeschikkingsrecht. Gaandeweg liet de JOVD zich kritischer uit over Paars: voorzitter Arjan Toor en Robin Bremekamp vonden opmerkelijk genoeg dat de individualisering te ver doorschoot.
Het vijfde Politiek Kern Programma (PKP) werd op het novembercongres in 1993 vastgesteld. Hoewel de JOVD principiële bezwaren tegen de monarchie bleef houden, sprak zij nu wel haar ‘aanhankelijkheid aan Hare Majesteit’ uit. Het program stelde dat het de overheid niet aanging hoe individuen hun seksuele vrijheid beleefden: ‘De JOVD kan leven met homoseksualiteit, seks tussen gehandicapten, (vrijwillige) multigamie en bestialiteiten.’ Kranten kopten onmiddellijk dat de JOVD ‘voorstander van bestialiteit’ was. VVD-leider Frits Bolkestein nam de jongeren niet serieus: ‘Ach ja, de JOVD. Die zijn ook voor animale sex, het triohuwelijk en afschaffing van het koningshuis. De jongens en meisjes van de JOVD komen we zo nu en dan tegen. Dan luister je beleefd en loop je vervolgens schouderophalend door.’ In die tijd botste de JOVD nogal eens met Bolkestein. Diens rechtse standpunten over migratie en de multiculturele samenleving deden veel stof opwaaien. JOVD-voorzitter Toor noemde Bolkestein in 1995 ’a-liberaal’ en een demagoog, en dreigde dat de JOVD zich op D66 zou oriënteren als de VVD deze conservatieve koers bleef volgen. In 1997 stelde de JOVD een nieuw PKP op, als ‘schaduwverkiezingsprogramma’. Tevens werd een jaar later een nieuwe beginselverklaring aangenomen.
