De aanslagen op de Twin Towers in New York op 11 september 2001 vormden een kantelpunt in de Nederlandse politiek. De terroristische aanslagen door fundamentalistische moslims verscherpten de tegenstellingen binnen de samenleving. De toenemende polarisatie gaf populistische politici als Pim Fortuyn en de gewezen VVD’ers Geert Wilders en Rita Verdonk de wind in de zeilen. Hoewel de JOVD aanvankelijk terughoudend stond tegenover Fortuyn, nam de jongerenorganisatie gaandeweg een aantal van zijn opvattingen over. Na de moord op de cineast Theo van Gogh benadrukte de JOVD steeds meer het belang van de vrijheid van meningsuiting. Ook kantte de jongerenorganisatie zich tegen een te grote invloed van religie in de politiek: in 2004 stelde zij zelfs voor de vrijheid van godsdienst uit de grondwet te schrappen.
De JOVD raakte in het eerste decennium na de eeuwwisseling in organisatorisch opzicht nauwer met de VVD verbonden. Per 1 januari 2000 trad het Samenwerkingsprotocol tussen beide organisaties in werking, waarmee het scholings- en vormingswerk van liberale jongeren onder de vlag van de JOVD werd gebracht. De JOVD was nu formeel de politieke jongerenorganisatie van de VVD geworden, overigens nadrukkelijk met behoud van haar onafhankelijkheid. Daarvan getuigde de JOVD regelmatig, niet alleen door zich over de kopstukken van de moederpartij uit te laten maar ook door het VVD-programma te kritiseren. Vooral op sociaaleconomisch gebied week de JOVD af van de VVD-lijn, zoals met haar pleidooi voor de verhoging van de AOW-leeftijd en de afschaffing van de hypotheekrenteaftrek. Als symbolisch gebaar bood de JOVD de nieuwe VVD-leider Mark Rutte in 2006 een sloophamer aan om daarmee een einde te maken aan dat belastingvoordeel voor huiseigenaren.
Oud-JOVD-voorzitter Rutte was in mei 2006 partijleider geworden, na een heftige strijd met minister Verdonk om het lijsttrekkerschap bij de Tweede Kamerverkiezingen. De interne verkiezingen trokken diepe scheidslijnen binnen de VVD en ook in de JOVD. Toen Verdonk in 2007 uit de VVD stapte, dreigde er een scheuring, ook in de JOVD – maar dat viel uiteindelijk mee. Wel waren er binnen het hoofdbestuur van de JOVD regelmatig conflicten, met vele opgestapte bestuursleden als gevolg. In dit decennium raakten enkele afdelingen in de problemen. Verder hield de JOVD haar organisatie weer tegen het licht. Perikelen in het hoofdbestuur, gedoe in afdelingen, een gebrekkige structuur – het was niet voor het eerst in de geschiedenis van de JOVD.
Met prijsuitreikingen probeerde de JOVD op ludieke wijze de aandacht van de media te trekken. De ‘Liberaal van het Jaar’-prijs werd meermaals toegekend aan personen buiten de liberale gelederen, zoals GroenLinks-leider Femke Halsema en D66-leider Alexander Pechtold. Vanuit de gedachte ‘dat kan liberaler’ werd de in 2008 ingestelde Liberale Aanmoedigingsprijs uitgereikt aan (ex-)liberale politici die volgens de JOVD hun liberale signatuur moesten hervinden. De eerste winnaar was Wilders, die de prijs weigerde. De satirisch bedoelde Joop-den-Uyl-Award werd uitgereikt aan de grootste geldverspiller, maar werd al snel ook weer afgeschaft.
Aan het zelfstandig bestaan van het blad LEF kwam in november 2002 een einde, toen het in De Driemaster werd opgenomen.
In 2003 stelde het hoofdbestuur de commissie Toekomstvisie in, die een sterkte- en zwakteanalyse van de JOVD moest maken. In het voorjaar van 2005 bracht de commissie haar nogal kritische rapport uit. De commissie achtte het kennelijk nodig met een heldere titel haar vertrouwen in de vereniging uit te spreken: Habemus Futurum! - vrij vertaald: de JOVD heeft een toekomst.
