Met de totstandkoming van het eerste ‘paarse’ kabinet van PvdA, VVD en D66 in de zomer van 1994 werd een politieke droom van de JOVD werkelijkheid. Mede door toedoen van de in 1988 aangetreden voorzitter Mark Rutte onderhandelde de JOVD vanaf 1991 met de Jonge Democraten (D66) en Jonge Socialisten (PvdA) over een ‘Paars regeeraccoord’ van deze drie partijen, zonder het CDA. De tekst werd een jaar later gepresenteerd en kreeg veel lovende reacties. Nadat het eerste paarse kabinet in augustus 1994 van start was gegaan, liet een nieuw centraal politiek thema voor de JOVD op zich wachten.
De JOVD verlegde in de jaren negentig niet alleen in politiek opzicht haar grenzen door de samenwerking met jongerenorganisaties van een andere politieke signatuur, in geografische zin stapte zij ook over grenzen heen. In 1992 werd de afdeling Antwerpen opgericht, het aantal internationale seminars en congressen groeide flink en diverse JOVD’ers namen zitting in internationale besturen. Zo werd Dennis Straat in 1996 president van de Europese koepelorganisatie Liberal Youth Movement of the European Community (LYMEC). Het aantal leden dat binnen de JOVD betrokken was bij deze internationale activiteiten was echter beperkt.
De deze periode negentig kende de JOVD diverse strubbelingen. Tussen haar en de Tweede Kamerfractie van de VVD boterde het niet altijd – vooral partijleider Frits Bolkestein lag vanwege zijn behoudende standpunten over migratie en de multiculturele samenleving niet overal goed binnen de vereniging. Ook intern moesten er brandjes worden geblust. Meerdere hoofdbestuurders traden voortijdig terug vanwege onderlinge ruzies. Onrust en onbezonnenheid op lagere niveaus in de vereniging straalden af op het hoofdbestuur, dat soms de brokken moest opruimen. Een dieptepunt was de opheffing in 1996 van de afdeling ’t Gooi na bonje binnen het bestuur, negatieve publiciteit en banden met extreemrechts.
Financiële en organisatorische kwesties hielden de JOVD eveneens nogal bezig, eigenlijk zoals altijd. De structuur van de vereniging ging opnieuw op de helling, waarbij aan de traditionele invloed van de districten een einde kwam. De adviesraad, waarin zij een belangrijke stem hadden, werd afgeschaft. Daarnaast vervingen de regio’s Noord, Midden en Zuid de oude districten. Verder verhuisde het JOVD-secretariaat in 1994 van Amsterdam naar het politieke hart van Nederland, Den Haag.
Ondanks de wrijvingen met de Tweede Kamerfractie haalden de JOVD en de VVD in deze periode hun onderlinge banden aan. Zo organiseerde een gezamenlijke commissie diverse projecten en activiteiten, zoals ‘jongerenontbijten’. Het doel was om jongeren enthousiast te maken voor de liberale politiek. Het dalende ledental en de steeds grotere moeite die het kostte om functies vervuld te krijgen, lieten zien hoezeer het nodig was om nieuwe leden te werven en inactieve leden te inspireren. Als gevolg van de vereisten in de in 1999 tot stand gekomen Wet subsidiëring politieke partijen erkende de VVD de JOVD formeel als haar jongerenorganisatie – een hele stap voor de JOVD, maar zij had weinig keus wilde ze haar subsidie behouden. De VVD-jongerencontacten zouden in de JOVD moeten opgaan, waardoor er zo een concurrent van het toneel verdween.
