In de jaren tachtig beleefde de JOVD een primeur: voor het eerst in haar geschiedenis kreeg de jongerenorganisatie een vrouwelijke voorzitter. Op 26 april 1987 trad Annette Nijs aan als interim-voorzitter. Na veel geruzie werd zij op de extra algemene ledenvergadering in december tot voorzitter verkozen. Op 19 november 1988 maakte zij plaats voor Mark Rutte.
Hoewel er in deze periode veel intern gedoe was, vertoonde de JOVD een aanzienlijke ledengroei. In 1978 telde zij nog 2000 leden. In 1983 waren het er 5000, en vier jaar later 6000 – en dat terwijl er kapers op de kust waren gekomen: de jongerencontacten in de VVD en de Jonge Democraten van D66. De JOVD liftte aanvankelijk mee op het electorale succes van de jeugdige VVD-leider Ed Nijpels. Toen de VVD na het midden van de jaren tachtig echter in zwaar weer verzeild raakte, ging dat niet aan de JOVD voorbij: haar ledental daalde naar 3500 aan het begin van de jaren negentig – bijna een halvering.
In de jaren tachtig sleutelde de JOVD voortdurend aan haar organisatie, mede vanwege de groei van het ledenaantal. In 1980
en 1981 stelden congressen een Reglement van Orde voor de Algemene Vergadering vast, herzagen zij het Huishoudelijk Reglement en voerden zij modelreglementen voor afdelingen en districten in. De politieke autonomie van de afdelingen werd vergroot: voortaan konden zij zich over politieke kwesties uitspreken zonder voorafgaande goedkeuring van het hoofdbestuur. Wel diende onduidelijkheid over het landelijke standpunt voorkomen te worden. In november 1982 werd naast de bestaande verenigingsraad (met provinciale afgevaardigden) een districtenraad ingevoerd, bestaande uit vertegenwoordigers van de districtsbesturen. Twee jaar later werd de verenigingsraad afgeschaft. De districtenraad bleef bestaan, maar ging later adviesraad heten. Zodoende kwam er een intermediaire bestuurslaag in de sterk uitdijende JOVD tussen top en basis. De districtsbesturen werden cruciaal in de communicatie tussen hoofdbestuur en afdelingen. De districten gingen samenvallen met de provincies, behalve district-Noord, dat Groningen, Friesland en Drenthe bleef omvatten.
In de zomer van 1985 verhuisde het Algemeen Secretariaat van de JOVD in Amsterdam van het Stikkerhuis naar de Prins Hendrikkade 104. Op 27 september werd het nieuwe onderkomen officieel geopend door Ed Nijpels.
Ook de landelijke algemene vergadering werd gereorganiseerd. De discussie was altijd plenair gevoerd, maar op het congres in juni 1982 kwamen er voor het eerst gelijktijdig een aantal werkgroepen bijeen die de menings- en besluitvorming moesten voorbereiden. Het plenaire congres behield het laatste woord. Het gevolg van deze veranderingen was meer tekst: langere resoluties, meer amendementen en meer moties.
Verder ging de structuur van het hoofdbestuur op de schop. Het congres van september 1983 voegde een lid aan dit orgaan toe, belast met ‘politieke campagnes’. Tegelijk besloot het weer een onderscheid aan te brengen tussen hoofd- en dagelijks bestuur. Een paar jaar later werd het hoofdbestuur overigens weer ingekrompen en verdween het onderscheid tussen hoofd- en dagelijks bestuur weer.
In november 1982 verscheen het nul-nummer van LEF (Liberté, Egalité en Fraternité), het tweede tijdschrift van de JOVD, naast De Driemaster. Het kwartaalblad bood artikelen van deskundigen ‘welke ideologisch, beschouwend en/of opiniërend vaan aard zijn’, bedoeld ‘voor iedere JOVD’er die meer wil weten en verder wil kijken dan de eigen neus lang is’.
In april 1989 besprak de adviesraad de nota Op het breukvlak van twee decennia: de JOVD in de jaren ‘90. De organisatie moest aantrekkelijker worden: de politieke discussie moest minder over details gaan en mee rover de hoofdlijnen, vernieuwing van de bijeenkomsten (het model van een avond met spreker was verouderd, en meer variatie in de activiteiten van de vereniging).
