Al voordat de JOVD in februari 1949 tot stand kwam, waren er hier en daar lokale jongerenorganisaties opgericht. Deze zouden vervolgens als JOVD-afdelingen verder gaan. In het voor de liberalen in politiek opzicht weinig toegankelijke katholieke Zuiden kwam in 1954 in Eindhoven de eerste afdeling tot stand. Al snel werden er districten gevormd die afdelingen in een bepaalde regio bundelden, zoals het district Noord (Groningen, Friesland en Drenthe). Ook werden er commissies ingesteld die het hoofdbestuur moesten bijstaan. Vanaf 1952 kwamen kaderleden die in organisatorisch opzicht een voortrekkersrol hadden, bijeen in zogeheten ‘trekpaardenconferenties’ (TPC).
Het ledental van de JOVD steeg van ongeveer 350 leden in 1951 naar 2.048 in 1959. Dit aantal zou pas in de jaren tachtig worden overtroffen. Alleen jongeren tussen de 16 en 30 jaar konden lid worden, zo was in de eerste statuten vastgelegd. Bestuursleden konden tot hun 35-ste jaar lid blijven.
De JOVD organiseerde elk najaar een congres met een algemene vergadering. Hier werd het hoofdbestuur gekozen, en de voorzitter. Diens zittingsduur liep nogal uiteen. De eerste, W.J. de Blaey, vertrok al na een half jaar. Hein Roethof en Huub Jacobse daarentegen bleven vier respectievelijk drie jaar aan.
In juni 1949 verscheen het eerste nummer van De Driemaster. Drijvende kracht achter het ledenblad, dat belangrijk was voor de communicatie tussen hoofdbestuur en achterban, was hoofdredacteur Gert Stempher. Hij zat ook in de redactie van het ledenorgaan van de VVD en gaf leiding aan een kleine uitgeverij die beide bladen drukte – vandaar dat ze in het begin nogal op elkaar leken.
De financiën vormden een probleem voor de JOVD. De VVD sprong regelmatig bij, maar een formele subsidieregeling ontbrak: elk jaar moesten de jongeren bij de partij aankloppen voor ondersteuning.
In 1954 kreeg de JOVD een embleem. In de letter V van ‘vrijheid’ – maar ook van ‘verantwoordelijkheid’ en ‘verdraagzaamheid’ – staat de Nederlandse Leeuw, die deze waarden verdedigt. Op de stok in zijn klauwen hangt een hoofddeksel, wat lijkt te verwijzen naar de Vrijheidshoed, het symbool van de vrijheid. Met enkele aanpassingen wordt dit embleem – tegenwoordig logo geheten – nog steeds gebruikt.
